Filipinler'e ilk olarak Avusturya Aborjinleri, Papuanlar ve Melanezyalılarla akrabalığı bulunan Negrito ve Aetalar gelmiştir. Daha sonra Ausronesianların geldiği ülkede Malezyalılar, Endonezyalılar, Çinliler, Japonlar, Hintliler ve Araplarla başlayan ticari ilişkiler ülkenin bugünkü çok kültürlülüğünün de temellerini atmıştır. Portekiz kâşif Macellan’ın 1521 senesinde Homonhon Adası'nı keşfetmesiyle adada İspanyol kolonileri kurulmaya başlamıştır. Bu süre zarfında Hristiyanlık dini de adada yaygınlaşmaya başlamıştır. Ardından İspanyol kolonilere karşı yaklaşık 85 yıl süren savaş dönemi başlamıştır. 1829 senesine dek süren uzun savaşın ardından İspanyol kolonileri Filipinler'e yerleşerek kültürlerini öğretmeye başlamışlardır. Aynı dönemde Alman, Portekizli ve İngiliz koloniler de ülke topraklarında hâkimiyet kurmaya çalışmışlar ancak sadece İngilizler başarılı olabilmişlerdir.
İspanya ve Amerika arasında çıkan savaşın da etkisiyle 1898’de İspanya’ya karşı bağımsızlığını ilan eden Filipinler1935’te İngiliz Milletler Topluluğu statüsünü almıştır. 2. Dünya Savaşı döneminde Japon İmparatorluğu tarafından işgal edilen ülke tarihinin en kanlı dönemini yaşamıştır. Manila Savaşı, Bataan Ölüm Yürüyüşüve Manila Katliamı bu döneme dair bilinen tarihi vakalardır. Savaşın bitişine dek yaklaşık 1 milyon vatandaşını kaybeden ülke 24 Ekim 1945’teBirleşmiş Milletler’in kurucu üyelerinden biri olmuş,1946’da da bağımsızlığı tanınmıştır. Soğuk Savaş döneminden de olumsuz etkilenen ülke 1986 ile reformlar dönemine girmiş ve tekrar toparlanmaya başlamıştır. Ülke her ne kadar ekonomik anlamda bir ivme yakalamış olsa da bugün hala doğal afetlerin getirdiği yıkımlarla mücadele etmektedir.