Japonya, muson bölgesi ile ılıman bölgenin birleştiği noktada yer alır. İklim, okyanusun ve karasal hava akımlarının etkisi altında genelde ılıman bir karakteri vardır. Japonya'da genellikle dört mevsim yaşanır. Haziran ortalarında başlayan yaz ılık ve nemlidir. Yağmurlu mevsimin hiç yaşanmadığı, kuzeydeki Hokkaido adası dışında, çoğunlukla yazı, yaklaşık bir ay süren yağmurlu bir mevsim takip eder.
Kış, Pasifik kıyılarında güneşli ve yumuşak geçer. Japon denizi kıyılarında ise bulut hâkimdir. Dağlık iç kısım ise dünyanın en karlı bölgelerinden biridir. Hokkaido'nun en belirgin özelliği sert kışlarıdır. Eylül ayıyla birlikte ülkenin içlerinde şiddetli rüzgâr, tayfun ve sağanak yağışlar yaşanır.
Başkent Tokyo, Tahran, Los Angeles ve Atina ile aynı enlemdedir. Yaz aylarında görülen nemli ve çok sıcak havanın tersine kış, düşük nem oranı ve arasıra yağan karla ılıman geçer.
