Ekvatoral iklimin hâkim olduğu Malezya'da ocak ve mayıs ayları arasındaki dönemde muson rüzgârlarının etkisiyle sürekli yağış görülür. Bu yağışlar ülkenin nem miktarının %80 civarına kadar yükselmesine neden olur. Ülkede yıllık yağış ortalaması bölgelere göre büyük farklılık gösterir. Ülkenin fazla yağış alan bölgelerinde artan nem oranı, sıcaklık ve rutubet nedeniyle tropikal ormanlar vardır. Bu ormanlar ülkenin %70'ini kaplar. Günlük sıcaklık ortalaması, alçak yerlerde 21-32 derece arasındayken, yüksek bölgelerde daha düşüktür. Genel olarak sıcaklıklar yıl boyunca 20 derecenin altına düşmez ve 40 dereceyi de geçmez. Yoğun yapılaşma nedeniyle şehirlerde sıcaklıklar çok daha yüksek hissedilirken adalarda esen rüzgârlar serinletici bir etki yaratır. Batı kıyılarında en çok yağış mayıs-ekim arası düşerken doğu kıyılarında eylül-aralık arasında düşer.
