Oldukça geniş bir alana yayılmış Moğolistan genel olarak beş bölgeye ayrılmıştır. Her bölge farklı belediyelere bölünmüştür. Moğolistan Merkezi ülkenin başkenti Ulanbaturu ve en turistik bölgesi Arkhangai’yi kapsamaktadır. Çöl bölgesi olarak bilinen Gobi ülkenin güney yakasına düşmektedir. Batı Moğolistan bölgesi ise Uvs Nuur Gölü ve Tavan Bogd Dağları ile çevrilidir. Ülkenin diğer bölgeleri Kuzey Moğolistan ve Doğu Moğolistan’dır.
Moğolistan’ın ikinci en büyük kenti Erdenet halı ve bakır madenciliği ile ön plana çıkmıştır. Ülkenin diğer önemli kentleri Moğol ve Kazak kültürüne dair geleneklerin en yaygın şekilde sürdürüldüğü tarihi kent Hovd ve antik Moğol kenti Karakorum’dur.