Makedonya’da, ülkenin farklı bölgelerinde değişik iklim çeşitleri görülmektedir. Ege Denizi ve Adriyatik Denizi'nin arasında bir konuma sahip olsa da sıradağlarla çevrili olması nedeniyle deniz etkisi ülke genelinde fazla hissedilmez. Vardar ve Ustrumcanehirlerinin de bulunduğu Gevgeli, Ustrumca, Valandova, Doyran ve Radoviş’te Akdeniz iklimi hâkimdir.
Demir Kapı ve Gevgeli en yüksek sıcaklıkların yaşandığı bölgelerdir. Bu bölgelerde özellikle Temmuz-Ağustos aylarında termometreler 40 dereceyi görmektedir. Ülkenin dağlık bölgelerinde ise karasal iklim hâkimdir. Bu bölgelerde gece ile gündüz arası sıcaklık farkları çoktur.
Yaz aylarında gündüz sıcaklık 30 derece civarında seyrederken geceleri 20 derecenin altına inebilmektedir. Makedonya'nın güneybatısında bulunan Baba Dağları ve kuzeybatısında bulunan Şar Dağları da oldukça soğuk bölgelerdir. Ayrıca Balkanlar'ın soğuk hava dalgalarının etkileri Makedonya'da da görülür. Bu soğuk hava dalgaları özellikle kış aylarında hava sıcaklığını daha fazla düşürür. Rusya üzerinden gelen soğuk hava dalgaları da hava sıcaklığını sıfırın altına düşürebilmektedir.
