Kırgızistan karasal iklime sahiptir. Bu yüzden kışların hayli soğuk geçtiği ülkede yaz mevsiminde sıcaklıklar yüksektir. En soğuk geçen ayın Ocak olduğu Kırgızistan’da bu dönemde hava sıcaklığı ortalama -6’ya kadar düşmektedir. En sıcak zaman olan Temmuz ayı ise ortalama hava sıcaklığı 24 derece civarındadır. Fakat ülkenin daha alçakta kalan bölgesi Fergana Vadisi’nde sıcaklıkların 40 dereceye kadar yükseldiği olur.
Ülkenin yüksek tepelerinde ise -20’lere kadar gerileyen hava sıcaklıkları yaşanır. Ülkede yağmur yağışı çok görülmemesine karşılık, karlı havanın yaşandığı gün sayısı oldukça fazladır. Mart ve Mayıs arası dönem ile Ekim ve Kasım arası dönem ülkenin en nemli zaman aralığıdır.