Madagaskar genelinde coğrafi konum gereği farklı iklimler yaşanabilmektedir. Kasım ile nisan aylarında sıcak ve yağışlı bir iklim yaşanırken, mayıs ile ekim ayları arasında kurak ve soğuk bir süreç yaşanır. Ülkenin doğu kıyıları belirli aralıklarla şiddetli tropikal fırtınalara ve siklonlara maruz kalabilmektedir. Adanın orta kesiminde yer alan yüksek yaylalarda serin ve kurak bir iklim hâkimdir. Ülke genelinde ortalama yıllık sıcaklık değerleri 25 derece düzeyindedir. Bu yıllık ortalamasına rağmen sıcaklıklar kıyı kesimlerinde daha yüksek, iç kesimlerde ise 0 derece de altına düşecek kadar düşük değerlere ulaşabilmektedir.