Makedonya Cumhuriyeti’nde yaşayan halkın büyük çoğunluğu Ortodoks Hristiyan’dır. Halkın yüzde 64,7’sini oluşturan Ortodokslar, Makedonya Ortodoks Kilisesi’ne bağlıdırlar. Diğer Hristiyan gruplar yüzde 0,37’lik kısmı oluşturur. Yüzde 33.3’lük kısım ise Müslümanlardır. Müslüman nüfusu özellikle Arnavutlar, Türkler ve Romanlar oluşturur. Ülke genelinde 1842 kilise ve 580 cami bulunmaktadır.