Ekvator ve sıcak Hint Okyanusu’nun etkisiyle tropikal bir iklime sahip olan Zanzibar, yılın çoğu zamanında sıcak ve nemli bir havaya sahip. Yine de sıkça yağış görülen Zanzibar’da ‘uzun yağışlar’ mart, nisan ve mayıs aylarında, ‘kısa yağışlar’ ise kasım aylarında görülür. Bölgede yıl boyunca görülen en yüksek sıcaklık 33 iken, en düşük sıcaklık 22 derecedir. Dolayısıyla Zanzibar’ı yoğun yağmurların olmadığı her ay ziyaret etmek uygundur.