Amasya, küçük bir şehir merkezine sahip olması nedeniyle geniş bir toplu taşıma ağına sahip bir şehirdeğildir. Bununla birlikte Amasya’da şehir içi ulaşım için özel halk otobüsleri ve minibüsler ile birlikte taksiler bulunmaktadır. Küçük bir coğrafyaya yayıldığı için Amasya şehir merkezinde gezilecek yerleri çoğunlukla yürüyerek gezmek mümkündür. Bu nedenle Amasya seyahatinde il merkezinde dolaşırken toplu taşımaya pek fazla ihtiyaç kalmaz. Ancak çevre ilçelere gidebilmek için ilçeler arası hizmet veren minibüsler tercih edilmelidir. Çevre ilçelere ulaşım imkânı sağlayan minibüsler sık aralıklarla hizmet vermektedir.
Merzifon ilçesinde bulunan Amasya Merzifon Havalimanı’ndan şehir merkezine ulaşım için DDM Tur Taşımacılık şirketinin servis hizmeti bulunmaktadır. Amasya Merzifon’a inen tüm uçuşlar için hizmet veren firma aynı zamanda Amasya’dan havalimanına uçuşlar öncesinde ters güzergâhta da hizmet vermektedir. Şehir merkezine yaklaşık 40 kilometre uzaklıkta bulunan havalimanından merkeze yolculuk yaklaşık bir saat sürmektedir. Havalimanından ulaşım için bir diğer tercih ise taksilerdir. Taksi ile yaklaşık 45 dakika süren yolculuk ortalama 80 – 90 TL arasında tutmaktadır.
Amasya ve çevresini rahat bir şekilde gezebilmek için en ideal seçeneklerinden biri de şehir merkezinde veya havalimanında araba kiralamaktır. Amasya Merzifon Havalimanı’nda araç kiralama imkânı sunan birkaç firma bulunmaktadır. Buralardan araç kiralamak, hem havalimanından Amasya merkezine ulaşım konusunu hem de Amasya ilçeleri arasındaki ulaşım konusunu çözmek için en ideal yöntemlerden biridir.