Mykonos Ege Denizi’ndeki konumu sebebiyle Akdeniz ikliminin hakimiyeti altındadır. Yaz mevsiminde sıcaklıklar 35 dereceyi bulabilirken, adanın havası kış mevsimlerinde bile ılımandır. Adada yılın çoğu günü güneşli geçer. Mykonos’un özellikle de kuzey ülkelerin vatandaşları tarafından tercih edilme sebeplerinden biri de sıcak iklim koşullarıdır. Bu nedenle adanın en kalabalık olduğu dönem haziran-ağustos ayları arasıdır. Özellikle ağustos ayında otellerin çoğu doludur. Dolayısıyla son dakika rezervasyon yapmak oldukça zordur. Bu aylarda aynı zamanda uçak ve otel fiyatları da en yüksek rakamları görür. Mykonos’un elverişli hava şartları düşünüldüğünde, mayıs ayında ada henüz kalabalıklaşmadan veya eylül ayında ada yavaş yavaş tenhalaştığında bir tatil planlamak, söz konusu kalabalık olmadan adanın keyfini çıkarmak ve daha uygun fiyatlara tatil yapmak için mantıklı olabilir. Elbette ilkbahar ve sonbahar mevsimlerinde de Mykonos’un havası gezmek için gayet uygun olacaktır; ancak denize girme ve dillere destan beach club partilerine katılma şansı hava soğudukça azalacaktır. Eğlence adası Mykonos yaz döneminde dünyanın dört bir yanından sanatçıyı konser ve festivallerde ağırlar. Bu nedenle canlı performansları kaçırmamak ve adanın dinamik atmosferine tanık olmak için yaz dönemi tercih edilmelidir. Ayrıca, her sene ağustos ayında binlerce katılımcıya ev sahipliği yapan Xlsior Gay Festival ve geleneksel olarak her eylül ayında kutlanan Hasat Festivali gibi özel tarihlerde adada olmak da farklı bir deneyim olacaktır.
