Ülkede yaygın olarak Sünni Müslüman nüfus yaşar. Toplam nüfusun yüzde 90’ı Müslüman’dır. Yüzde 9 oranında ise Kıpti bulunmaktadır. Mısır’ın kadim halklarından birisi olan bu halk, köklerini İslamiyet’ten öncesine, Eski Mısır medeniyetine dayandırır. 12 milyonluk nüfusuyla ciddi bir azınlık olma özelliğine sahip Kıptiler, Hıristiyanlığın Oryantal Ortodoks Kiliselerinden birisi olarak bilinen İskenderiye Kıpti Ortodoks Kilisesi’ne bağlıdırlar. Her ne kadar günümüzde pek kullanılmasa da kendilerine ait bir dilleri ve oldukça özgün bir din anlayışları vardır.