Buhara, Orta Asya'da kuzeyde ve batıda Kazakistan, doğuda Kırgızistan ve Tacikistan ile güneyde Afganistan ve Türkmenistan'a komşu olan Özbekistan'ın 12 ilinden birisidir. Ülkenin orta-güney kısmında yer alan ilin güneyinde Kırgızistan sınırı vardır. Buhara şehrinin kuzey, batı ve güney bölümü bozkırlar ve çöllerle çevrilidir.