Başkenti ve en büyük kenti Vilnius olan Litvanya’nın diğer büyük kentleri ise Kaunas ve Klaipeda’dır. Toplamda 103 adet şehre sahip olan ülkede bir bölgenin şehir statüsünde sayılabilmesi için nüfusunun 3000’den fazla olması gerekir ancak nüfusu bu sayının altında kalan birçok bölge de tarihi öneminden dolayı şehir olarak kabul edilir. Beş bölgeye ayrılan ülkenin kuzeydoğusunda ‘yüksek diyarlar’ olarak bilinen Aukstaijita; batısında Samogitya; güneydoğusunda başkent Vilnius’u da içinde barındıran Dzukija; güneybatısında Kaunas’a ev sahipliği yapan Sudovia; Baltık kıyısında ise MazojiLietuva bölgesi bulunur. Samogitya haricinde hiçbir bölgede politik bir mevcudiyet yoktur.
Başkent Vilnius’un yanı sıra Litvanya’daki tüm coğrafi bölgelerin kendine ait başkentleri de bulunmaktadır. Aukstaijita’nın başkenti Panevezys, Samogitya’nın başkenti Telsial, Dzukija’nın başkenti Alytus, Sudovia’nın başkenti Marijompale, Mazoji Lietuva’nın başkenti ise Klaipeda’dır.