Nepal’in başkenti, ekonomik ve tarihi merkezi Kathmandu şehridir. Bir milyonu aşkın bir nüfusa sahip olan Kathmandu diğer bölgelerin kimliğini belirleyen bir medeniyet merkezidir. Ülkede 217 şehir bulunmakla beraber 2014 senesine kadar bu sayı 58’di. Kathmandu’nun yanında bazı önemli şehirler şunlardır: Pokhara, Lalitpur, Bharatpur, Biratnagar, Nepalganj, Birganj, Janakpur,Butwal, Itahari, Dharan ve Dhangadi.
Ülkenin yerel idari yönetimi 2015 yılında kabul edilen yeni anayasaya göre 7 vilayet ve 75 bölge üzerinden yürütülmektedir. Yeni anayasa Nepal’i çok-dilli, çok-dinli ve çok-kültürlü bir ülke olarak tanımlamakta ve şehirlere bu noktada haklar vermektedir. Vilayetleri belirleyen diğer faktörler ise coğrafi koşullar ile ilgilidir.