Endonezya Sumatra, Kalimantan, Java, Bali, Sulawesi, Nusa Tenggara, Maluku ve Papua adında 8 ana bölgeden oluşmaktadır. Bu bölgeler bir ana ada ve çevresindeki küçük adalar olarak gruplandırılır. Ülke 17.508 adet adadan oluşur. En önemli şehirleri Bali, Jakarta, Batam, Medan, Lombok, Surabaya, Bandung, Yogjakarta, Sumatra ve Sulawesi'dir. Ülkenin başkenti Cava adasındaki Cakarta şehridir.