Tarih boyunca Çin, Hindistan, İran ve Bizans İmparatorluğu'nun deniz ticaret yolu üzerinde bulunan Endonezya, bu anlamda büyük bir öneme sahiptir. Önemli bir ticaret noktası olmasından dolayı zaman içinde dünyanın birçok yerinden insan buraya yerleşmiştir. “Vereenigde Oostindische Compagnie/Dutch East Indies” adındaki Hollanda firması Endonezya’yı oluşturan adalarda geniş bir ticaret ağı kurmuş; idari ve askeri sistem aracılığıyla Endonezya’yı yönetmiştir. 1798 yılında Endonezya’nın yönetimi doğrudan Hollanda Krallığı’na bağlanmıştır.
İkinci Dünya Savaşı sırasında Endonezya, Japonya tarafından işgal edilmiştir. Hollanda yönetimi bu süre içinde adalardan çekilmiştir. Japonya’nın ikinci dünya savaşında yenilgiye uğramasından sonra Japon birlikleri İngiliz birliklerinin gözetiminde Endonezya’da yönetim ve idareyi sağlamışlardır. Endonezya, Japonya’nın bu yenilgisini takiben 17 Ağustos 1945 tarihinde bağımsızlığını ilan ettiyse de bağımsızlık ilanı müttefik ülkeler tarafından kabul edilmemiştir. Müttefik Birlikleri'nin Endonezya’yı Hollanda birliklerine teslim etmesinin ardından Endonezya Cumhuriyet Ordusu’nun Hollanda birliklerine karşı bağımsızlık mücadelesi başlamıştır. Çatışmalar ve barış görüşmeleriyle geçen süre sonunda BM ve ABD’nin aracılığıyla 1949 yılında Hollanda, Endonezya’dan çekilmeyi kabul etmiş ve Endonezya’nın bağımsızlığını 26 Aralık 1949 tarihinde tanımıştır.
