Mykonos’un son yıllardaki popülerliği sebebiyle diğer Yunan adalarından biraz daha pahalı olduğu tartışmasız bir gerçektir. Bu popülarite konaklama fiyatlarında da kendini belli eder. Bu ilgi sebebiyle yoğun sezonlarda, özellikle ağustos ayında, uygun fiyata yer bulmak için aylar öncesinden rezervasyon yaptırmak gerekir. Adada birbirinden farklı konaklama seçenekleri bulunsa da bunların çoğu lüks tesislerdir. Özel infinity pool (sonsuzluk havuzu) olan süit odalar ve jakuzili teraslar genelde tercih edilen konaklama tipleridir. Kalabalık gruplar ise otellerden çok yine havuzlu villalar kiralamayı tercih ederler. Bunlara rağmen Mykonos’ta yaşayanların kiraladıkları odalar, hosteller ve oda-kahvaltı tipindeki pansiyonlar daha uygun konaklama seçenekleri sunarlar. Air Bnb gibi platformlar üzerinden de iyi araştırılırsa konaklama için uygun seçenekler bulunabilir. Eğlence duraklarına yakın olmak ve popüler plajlara kolay ulaşım sağlayabilmek adına konaklama için en ideal bölgeMykonos Town (Chora)’dur. Adanın diğer taraflarında da tesisler mevcuttur; fakat bir yerden bir yere gitmek daha zor olacaktır. Lüks oteller ve tesisler havaalanından veya şehir merkezinden transfer hizmeti sunarlar ancak Mykonos küçük bir ada olduğundan özellikle de Mykonos Town’daki tesislere bireysel olarak ulaşmak da zor olmayacaktır.
Mykonos’ta kamp yapılabiliyor olması öğrencileri, gençleri ve sırt çantalı gezginleri sevindiren bir durumdur. Konaklamaya düşük bütçe ayırmak ve tatillerinde yeni insanlarla tanışmak isteyenler için kamp alanları oldukça keyifli seçeneklerdir. Adada iki tane kamp alanı bulunur ve ikisi de popüler plajlardadır. Bunlar Paranga Becah’te yer alan Mykonos Camping ve Paradise Beach’te yer alan Paradise Beach Resort&Camping’dir. Mini market, bisiklet kiralama noktası gibi ihtiyaçlar bile kamp alanında karşılanabilir. Bu kamp alanlarında çadırın yanı sıra, bungalov, cabin, oda gibi diğer konaklama seçenekleri de göz önünde bulundurulabilir. Kalabalık ve sakin aylarda fiyatlar değişiklik gösterse de adadaki en uygun konaklama tipi genelde kamp alanları ve bünyelerindeki tesisler olmuştur. İki kamp alanına da Mykonos Town’dan otobüs ve teknelerle ulaşım sağlanabilir.
Kamp alanları yerine biraz daha konforlu bir tatil yapmak isteyenler için adada apart otel, hostel, oda kahvaltı ve stüdyo tipi konaklamalar da mevcuttur. Küçük fiyat farklarıyla 2 ve 3 yıldızlı oteller tercih edilebilir. Mykonos Chora Apartments, Aeolos Hotel, Vouniotis Pension, Matogianni Hotel, Orpheas Rooms, Artemoula’s Studios, Pelican Hotel, Mina Studios, Poseidion Hotel seçeneklerden sadece birkaçıdır. Konumları sebebiyle çoğu turistin tercih sebebi olan bu konaklama yerlerinde şehir merkezinden uzaklaşmadan Mykonos’un keyfi çıkarılabilir.
Daha yüksek standartlarda konaklamak isteyenler için 4 ve 5 yıldızlı butik oteller ve tesislerin sayısı Mykonos’ta oldukça fazladır. Bu tesislerin çoğunun havuzu ve bir kısmının kendi plajı olduğundan tesisten dışarı adım atmadan güzel bir tatil geçirmek mümkündür. Adonis Hotel, Harmony Boutique Hotel, San Marco Hotel, Myconian Korali Relais & Chateaux, Cavo Tagoo Mykonos, Belvedere Hotel, Casa Del Mar Mykonos Seaside Resort & Spa, Myconian Imperial Resort &Thalasso Center, Mykonos Grand Hotel & Resort, Mykonos Theoxenia Hotel hizmet kaliteleriyle isimlerini duyurmuşlardır. Bunun yanı sıra Island White Villas ve Zinas Mykonos Villas gibi seçeneklerle günlük veya haftalık villa kiralamak da kalabalıktan uzak konaklamak isteyenler için birebirdir. Grupça gidilen tatillerde fiyat karşılaştırılması yapıldığında ayrı ayrı otel odalarında konaklamaktansa villa tipi konut kiralamak daha makul olabilir. Villalar kiralanırken lokasyonlarının iki kere kontrol edilmesi tavsiye edilir. Çünkü adanın toplu taşıma olmayan bir bölgesindeyse araç kiralamak gerekebilir.
