Estonya'nın hava durumu çoğunlukla Baltık Denizi’nin etkisindedir. Ortalama sıcaklık yazın 17 derece, kışın -5 derecedir. Oldukçasoğuk ve kar yağışlı geçen kış ayları uzun sürmektedir. Yazın 19 saate kadar gündüz olmaktadır. Yıllık yağış miktarı ortalama 610-710 mm arasında değişmektedir. İlkbahar ve sonbaharda aşırı olmasa da yağmur yağışı görülmektedir.
