Vatikan, Roma sınırlarının içinde yer alan bir şehir devleti olduğundan, Vatikan'a gitmek için önce Roma'ya uçmalı, oradan da Vatikan'a geçilmelidir. Haftanın her günü karşılıklı olarak İstanbul – Roma seferleri düzenlemektedir. Yolculuk süresi yaklaşık 2 saat 40 dakikadır.