Moldova’nın başkenti Kişinev’dir. Nihai statüsü tartışmalı olmakla beraber Dinyester Nehri’nin doğusunda kalan de facto cumhuriyet Transdinyester üzerindeMoldova hükümetinin herhangi bir kontrolü yoktur.
İki özerk bölgeye ayrılan ülkede Transdinyester Bölgesi Ukrayna sınırında olup daha çok Ukraynalı ve Rus nüfusun yoğun olduğu bir bölgedir. Diğer bölümü Gagavuzya ise daha çok Moldovalı ve Gagavuz Türklerinin oluşturduğu bölgesidir. Ülkenin diğer önemli kentleri arasında çingenelerin başkenti olarak da anılan Sorocagelir. Bir diğer önemli kenti ise Traspol’dur. Ülkenin en büyük ikinci kenti olan Tiraspol özerk bölge Transdinyester’in de başkenti kabul edilmektedir.
